Il 3 Luglio 1996 viene emesso, in seguito ad intercettazione telefonica del 28 giugno 1996, un decreto di perquisizione nei confronti di Suor Elisabetta. Nella richiesta di autorizzazione alla perquisizione si legge: “si ha il fondato motivo di ritenere che presso l’abitazione possono rinvenirsi cose o tracce pertinenti ai delitti per i quali si procede e in particolare per il reato di associazione per delinquere finalizzato alla commissione di omicidi ai danni di giovani coppie.“
La perquisizione viene eseguita alle 7 del mattino presso l’abitazione di Suor Elisabetta sito nei locali del Centro di assistenza “Il Samaritano” sito in via Michelozzi 2 a Firenze.
La perquisizione porta al sequestro di appunti, lettere, memoriali, agende.
Si sequestrano inoltre 157.890.039 lire sotto forma di buoni postali intestati a Pietro Pacciani e alle figlie (Graziella e Rosanna) ed emessi dagli uffici postali di Montefiridolfi, San Casciano, Cerbaia e Mercatale ed anche libretti di risparmio aperti uno a Mercatale e uno a Scandicci.
Il saldo dei libretti alla data del 17 agosto 1992 è di 62 milioni. I buoni ammontano a 96 milioni circa.
La suora fa presente che sono risparmi consegnateli da Pietro Pacciani il quale gli aveva riferito che: “Tali somme derivano in parte dai proventi del suo lavoro in carcere durante il periodo della prima detenzione, in parte da somme e aveva ricevuto dalla propria sorella, in parte dalle pensioni dei suoceri, e ancora in parte dal proprio lavoro“.